日治初期，文石書院被設立野戰醫院，醫院撤走後書院被重修改建為澎湖孔廟。澎湖自由行
坐落在今馬公市新生路澎湖生活博物館旁，為澎湖教育的發源地。其建築因採用當地特產的文石所砌成，故稱為文石書院。
初建之時裡面祀奉了魁星之神，所以又叫「魁星樓」，後來又經歷任數次重修；1895年地方人士為了保存中民族民族固有文化，
將文石書院改為孔廟；直到國88年，澎湖縣政府編列預算重新修建，成為今日樣式，因此目前又稱為「澎湖孔廟」。
文石書院，進入大門，一眼就可看到圍牆邊高聳的石碑，石碑中中記錄著當年施琅攻打台灣澎湖的豐功偉業。文石書院的建築為清朝傳統式，為標準中國風味的雙層閣樓；其中包括大城殿及東廡、西廡暨大成門、櫺星門及崇聖祠等等，保留了傳統的建築風貌。
